物理治疗法包括冷冻、电灼、刮除和CO2激光等，适用于皮肤损伤较少的患者。但治疗颜面部位的疣体时，可能留下瘢痕和色素沉着，且物理治疗方法只能去除表面可见的疣体，无法治愈深处的病毒，因此疣体很可能再次出现，容易复发。治疗疣体时，还需注意清除体内HPV病毒和提高自身免疫力，以便更快康复、减少复发。
一、轻度扁平疣患者可外用维A乳膏，但若出现瘙痒，勿用手抓挠，以防感染。阿昔洛韦乳膏和五氟尿嘧啶软膏也可治疗扁平疣。
二、内服药物，如免疫抑制剂，如匹多莫德和转移因子口服液，可增强免疫力，治愈率高达70%左右。治疗扁平疣时，还需注意个人卫生、不共用日用品、注意饮食清淡、及时补充营养和经常锻炼等。
